Sakura Kinomoto, une jeune écolière encore en primaire, mène une vie sans histoire avec son père et son frère, sa mère, Nadeshiko, étant décédée alors que Sakura était toute petite.

Un jour, elle découvre par hasard un vieux livre dans la bibliothèque de son père, professeur d'archéologie. Au moment où elle ouvre le livre, un étrange petit fauve nommé Kelo qui il ressemble plus à une adorable peluche qu'à un grand prédateur, en sort et lui apprend qu'il est le protecteur de ce livre.

Il y a très longtemps, le sorcier Clow Lead a créé ce livre pour y enfermer les Clow Cards qui contiennent un pouvoir dangereux. Ces cartes sont vivantes, possèdent chacune un nom, un apparence et un sortilège qui leur sont propre. Une ancienne prophétie prédisait que le jour où le sceau du livre serait brisé, le fléau s'abattrait sur le monde. Malheureusement, Kélo a perdu de sa puissance, c'est pour cela qu'il n'arrive pas à reprendre son apparence normale de fauve protecteur et que toutes les cartes ont disparu.

Néanmois, il garde espoir car seul quelqu'un possédant quelques prédispositions pour la magie ou un minimum de pouvoirs peut espérer parvenir à ouvrir le livre. Il décide de charger Sakura de récupérer les cartes disparues. Pour l'aider dans sa quête, il lui remet un sceptre capable de retransformer les créatures en cartes et de les enfermer dans le livre. Sakura devient donc Card Captor Sakura, la chasseuse de carte.

Mais ce secret est un bien lourd fardeau et il est difficile de cacher Kelo, même s'il a l'aspect d'une peluche, à son entourage. Tomoyo, la meilleure amie de Sakura est donc mise au courant du poids qui pèse maintenant sur les épaules de la petite fille. Tomoyo vient d'une famille aisée et prend un grand plaisir à confectionner des tenues spéciales (et pas vraiment discrètes) pour les missions de Sakura et parfois même des accessoires pour Kélo, pour le plus grand bonheur de ce dernier.

Sakura part donc à la chasse aux cartes, la nuit, en compagnie de Kélo qui l'aide de son mieux dans sa forme actuelle. Son père, Fujitaka, ne semble pas se douter de quelque chose, mise à part son inquiétude devant l'épuisement de Sakura. Son frère, Toya, par contre est beaucoup plus soupçonneux et se méfie de l'attitude de sa petite soeur. Malgré ses airs de grand dur et sa manie d'embêter constamment sa sœur qu'il surnomme Godzilla, il est très protecteur envers celle-ci et la protège de son mieux. De plus, Sakura est folle amoureuse de son meilleur ami, Yukito, ce qui offre de bonnes occasions à Toya de se moquer de sa soeurette.

Mais les missions de Card Captor Sakura s'enchaînent rapidement, il faut dire qu'il se passe des choses étranges dans sa ville et Kélo ne doute pas que tous ces phénomènes soient l'oeuvre des cartes. Malgré la méfiance de son frère et les dangers qui la guettent, Sakura, du haut de ses dix ans, n'a pas vraiment le choix et se lance donc dans sa grande chasse aux Clow Cards...